O proxecto Máis Celme para a área de Ciencias da Natureza utiliza diferentes ferramentas e metodoloxías para motivar na aprendizaxe das ciencias, facilitar a súa comprensión e comprobar a súa aplicación.
Para iso, os contidos en cada epígrafe organízanse en tres fases de aprendizaxe: Activámonos, Comprendemos e Aplicamos, nas que se intercalan actividades que promoven a aprendizaxe cooperativa. Moitos Activámonos e Aplicamos propóñense en forma de Talleres  experimentais. Esta filosofía xeral do proxecto de promover unha aprendizaxe activa concrétase nunha Tarefa final trimestral que baixo o título Mellora… integra coñecementos, habilidades, competencias e intelixencias múltiples.
Para facilitar a accesibilidade dos contidos, o proxecto Máis Celme de Ciencias da Natureza coida especialmente a redacción e o vocabulario utilizado. A comprensión e a aprendizaxe dos contidos refórzase cun programa concreto de Comprensión lectora. Para progresar e ir superando barreiras, as actividades secuéncianse por orde de dificultade, e algunhas contan con apoios e desenvolvementos complementarios no recurso didáctico.